تأسّست دائرة خدمة اللاجئين الفلسطينيين التابعة لمجلس كنائس الشرق الأوسط في عام 1948، حيث بدأت كمجموعة مسكونيّة تضمّ مسؤولين دينيين وعلمانيين من المنطقة والعالم، هدفهم مساعدة أكثر من 726،000 لاجئ فلسطيني لمواجهة الصدمات منذ الحرب العربية - الإسرائيلية الأولى.

توسّعت الدائرة لاحقًا وأصبحت تضمّ اليوم خمسة لجان إقليميّة: القدس والضفّة الغربيّة، الأردن، لبنان، الجليل وقطاع غزّة. ينسّق بين تلك اللّجان منذ عام 1997 مكتب مركزي يقع في القدس الشرقيّة.

في البدايّة، تمّ تسجيل دائرة خدمة اللّاجئين الفلسطينيين في قبرص عام 1970، حيث كان يجتمع الأعضاء من جميع أنحاء المنطقة بشكل منتظم، ثمّ أصبحت جزءًا من مجلس كنائس الشرق الأوسط منذ تأسيسه عام 1974.